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基因芯片阅读仪用于生物学、农学、林学、医药学、环境科学领域的分析仪器，主要用于基因芯片的阅读。这种阅读仪主要由芯片夹、激光印模仪、图像扫描分析系统三部分组成。其中，芯片夹固定于显微镜的载物台，用于固定和放置基因芯片；激光印模仪可以发射激光到印痕基因芯片的特定位置，通过这个位置的光反射，得到基因芯片上各点的光学反射图像；图像扫描分析系统将获得的基因芯片光学反射图像进行处理分析，可获得每个位置上的探针杂交信号。

基因芯片阅读仪可以分为扫描仪和显影机。其中，扫描仪是通过光电倍增管将光信号转化为电信号，再将电信号分峰整形，送到计算机幅度积分并量化，得到数字图像信号。而显影机输出装置，它使用特定的化学反应使原先不显影的底片或磁片显出预期的影像。