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医学显微镜是由一个或多个透镜的组合构成的能将肉眼无法分辨的细胞、病毒等微小物质放大成肉眼可辨物像一种光学仪器。根据成像原理不同可以分为光学显微镜和电子显微镜。进入21世纪，光学显微镜的放大倍数可以达到2000倍，电子显微镜放大倍数可以超过300万倍。它已经成为日常医学诊断和医学微观研究中不可或缺的显微设备。

根据显微原理分为光学显微镜和电子显微镜。

光学显微镜是指利用光学原理，把肉眼所不能分辨的实验生物医学样品放大成像，以显示其细微形态结构信息的仪器。

电子显微镜是根据电子光学原理，用电子束和电子透镜代替光束和光学透镜，使物质的细微结构在非常高的放大倍数下成像的仪器。其放大率和分辨率远胜于光学显微镜，但电子显微镜因需在真空条件下工作，所以不易观察活的生物，而且电子束的照射也会使生物样品受到辐照损伤